Bio-banque

La biobanque UMR 8199 est placée sous la responsabilité du Professeur Philippe FROGUEL. La partie technique est confiée à Frédéric ALLEGAERT et Nicolas LARCHER. La biobanque compte plus de 366 000 échantillons biologiques. Sa mission est de réceptionner, d’extraire, de quantifier, de conserver et de gérer ces échantillons.

Grâce à notre expérience en préparation et en gestion, notre bioBanque est capable de répondre à l’ensemble des prestations de services pour la préparation et l’extraction d’ADN, d’ARN à partir de sang ou de tissus (muscle, foie, etc), de salive et de culot cellulaire.

 

  • Plateforme d’extraction d’ADN
Autopure LS 1Starlet Hamilton

Notre plate-forme robotique est composé 3 extracteurs d’ADN, permettant de procéder aux extractions sur une large gamme de volume (200µl à 20ml) sur de nombreux types d’échantillons, tels que prélèvements de sang frais ou congelé, prélèvements salivaires (kit Oragene), buffy coat et tissus.

  • Nous réalisons les extractions à l’aide de l’Autopure (Qiagen) par précipitation saline. Cet automate peut extraire 96 échantillons par jour et permet la purification automatisée à haut débit de l’ADN génomique à partir de grands volumes, afin de fournir des grandes quantités d’ADN, et sur un large éventail d’échantillons (sang total frais ou congelé, buffy-coat, salive , tissus,…).
  • Nous utilisons également la technologie des membranes en silice de Macherey-Nagel pour purifier les échantillons. Les extractions sont automatisées avec 2 automates Starlet de Hamilton. Cette technique permet de travailler sur des volumes d’échantillons allant de 200µl à 3-4ml de sang, mais aussi de la salive ou des tissus.

Ces techniques permettent d’obtenir de l’ADN de qualité (ratio nanodrop 1.80-2.0) et stable en vue de leur stockage à long terme (biobanking).

De plus, nous possédons des incubateurs (MAXQ800 thermo Electron) pour la réhydratation et la re-suspension des ADNs. Les ADNs extraits sont ensuite dosés et standardisés sur un fluorimètre Infinite® F200pro de Tecan®.

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  • Infinite F200 – Tecan
  • Le Infinite® 200 Pro est un spectro-photomètre avec la capacité d’effectuer des mesures d’absorbance et de fluorescence. Il est doté de différents modules de détection pour le dosage par la méthode de FRET et de BRET, dans un format de plaques de 6 à 384 puits et permet de quantifier facilement et avec précision de petits volumes d’échantillons. Au laboratoire, il est utilisé en fluorimétrie pour déterminer la concentration d’Adn double brin.

Pour assurer la gestion complète du cycle de vie des échantillons et de leurs données associés, nous disposons de la solution logicielle MBioLIMS® de Modul-bio. MBioLIMS permet une traçabilité complète et sécurisée, des supports grâce à une gestion informatisée des patients, des prélèvements, des échantillons et de leurs dérivés.

Pour le stockage à long terme, les échantillons sont conservés dans des congélateurs à -80°C, nous disposons également de chambres froides +4°C et -20°C pour le stockage à court terme. Ces ADNs sont à disposition des chercheurs pour leurs projets de recherche et les collaborations externes.

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  • Plateforme d’extraction d’ARN
  • QIAcube HT et Qiacube de Qiagen sont des postes de travail automatisés permettant la purification de l’ARN à partir des kits QIAGEN. 12 échantillons pour le Qiacube et 96 pour Qiacube HT peuvent être traités en simultané. Les étapes suivant la lyse et l’homogénéisation sont entièrement automatisées. La qualité de l’ARN purifié est comparable à celle obtenue en technique manuelle, et assure une isolation simple et efficace d’un ARN total de haute qualité adapté à toute application telle que le New Generation Sequencing et la PCR en temps réel.

Dans le laboratoire, nous effectuons l’extraction de divers tissus, nous travaillons actuellement sur des tissus musculaire et hépatique, il est possible de développer les protocoles pour d’autres types de tissus sur demande, chaque tissu étant spécifique il sera dans ce cas nécessaire de réaliser un projet pilote.

Les échantillons d’ARN sont contrôlés avec un système d’électrophorèse capillaire. Nous disposons du Bio Analyser (puce de 12 échantillons) et du Labchip (haut débit). Ces méthodes permettent la séparation, la quantification et l’analyse qualitative des échantillons

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