Bio-banque

La biobanque UMR 8199 est placée sous la responsabilité du Professeur Philippe FROGUEL. La partie technique est confiée à Frédéric ALLEGAERT. La biobanque compte plus de 200 000 échantillons biologiques. Sa mission est de réceptionner, d’extraire, de quantifier, de conserver et de gérer ces échantillons.

Grâce à notre expérience en préparation et en gestion de BioBanque, notre laboratoire est capable de répondre à l’ensemble des prestations de services pour la préparation et l’extraction d’ADN, d’ARN à partir de sang ou de tissus.

  • Starlet Hamilton & Autopure LS – QIAGEN
Autopure LS 1Starlet Hamilton

Notre plate-forme robotique comprend 3 extracteurs d’ADN, permettant de procéder aux extractions sur une large gamme de volume (200µl à 20ml) sur de nombreux types d’échantillons, tels que prélèvements de sang frais ou congelé, prélèvements salivaires (via kit Oragene), buffy coat et tissus.

L’extraction avec l’Autopure de chez Qiagen utilise une technique de précipitation; cet automate peut extraire 96 échantillons par jour et permet la purification automatisée à haut débit de l’ADN génomique à partir de grands volumes, afin de fournir des rendements élevés, et sur un large éventail d’échantillons (sang total frais ou congelé, buffy-coat, salive , tissus,…). Aux robots dédiés aux extractions s’ajoutent des incubateurs / agitateurs (MAXQ800 thermo Electron) pour la réhydratation et la re-suspension des ADNs. Les ADNs extraits sont ensuite dosés et standardisés (à 200ng/µl) avec une plateforme couplée d’un robot pipeteur et d’un fluorimètre de Beckman Coulter®, avant d’être intégrés à notre base de gestion (LIMS Laboratory Information Management System).

L’extraction via les automates Starlet de chez Hamilton se font via des colonnes de purification Macherey – Nagel.

Ces outils permettent d’obtenir de l’ADN de qualité (1.84 +/- 0.02) et stable en vue de leur stockage à long terme (biobanking).

Afin d’être conservés à long terme les échantillons sont stockés dans des congélateurs à -80°C et des aliquots sont mis dans une chambre froide à 4°C. Ces ADNs sont à disposition des chercheurs pour leurs projets et leurs collaborations externes.

Le LIMS permet une traçabilité complète et sécurisée, des supports grâce à une gestion informatisée des patients, des prélèvements, des échantillons et de leurs dérivés.

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  • QIAcube – QIAGEN

Le QIAcube (Qiagen) est un poste de travail automatisé permettant la purification de l’ARN à partir des kits QIAGEN. 12 échantillons peuvent être traités par série. Toutes les étapes de la procédure après celles de lyse et d’homogénéisation sont entièrement automatisées. La qualité de l’ARN purifié est comparable à celle obtenue en technique manuelle.

Dans le laboratoire, nous effectuons l’extraction :

– Des tissus riches en fibres, tels que le muscle squelettique, le coeur et l’aorte, des tissus difficiles à lyser en raison de l’abondance des protéines contractiles, du tissu conjonctif et du collagène. Pour cela nous utilisons le RNeasy Fibrous Tissue Kit. Il permet l’extraction d’échantillons de 0.5 à 30 mg pour aboutir à un maximum de 100 ug d’ARN de haute qualité élué dans 30 à 100 µL d’eau sans RNase.

– Des tissus gras, tels que le cerveau et le tissu adipeux avec le RNeasy Lipid Tissue Kit. Il permet l’extraction d’échantillons de 10 à 100 mg pour aboutir à un maximum de 100 ug d’ARN de haute qualité élué dans 30 à 100 µL d’eau sans RNase.

– De Cellules animales ou humaines (10-1 x 107), tissus animaux ou humains (0,5 à 30 mg) avec le kit RNeasy Mini.

Les procédures des Kits RNeasy permettent l’enrichissement en ARNm et en d’autres espèces d’ARN >200 nucléotides.

Le rendement en ARN total ne comprend pas d’ARNr 5S, d’ARNt et d’autres ARN de faible poids moléculaire, qui constituent 15 à 20% de l’ARN cellulaire total.

La procédure assure une isolation simple et efficace d’un ARN total de haute qualité adapté à toute application telle que les puces et la PCR en temps réel.

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  • Infinite F200 – Tecan
infinite f200

Le Infinite® 200 Pro est un spectro-photomètre avec la capacité d’effectuer des mesures d’absorbance et de fluorescence. Il est doté de différents modules de détection pour le dosage par la méthode de FRET et de BRET, dans un format de plaques de 6 à 384 puits et permet de quantifier facilement et avec précision de petits volumes d’échantillons.

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  • LabChip® GX PerkinElmer

La technologie LabChip® GX offre une séparation par électrophorèse microfluidique inégalée pour la quantification de l’ADN et de l’ARN.  Cet équipement permet l’analyse de fragments d’ADN Haute Sensibilité, d‘ARN et permet de visualiser l’intégrité de l’ADN génomique avec visualisation des smear sur une seule plateforme.

LabChipGX

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