Chercheurs et cliniciens impliqués : Pascale Benlian, Amélie Bonnefond, Dominique Eladari, Philippe Froguel, Louise Montagne, Pierrette Perimenis, Anne Vambergue et Martine Vaxillaire
Une partie majeure de notre activité est de rechercher des formes monogéniques de diabète et de maladies associées dont les maladies rénales, les maladies cardiovasculaires ainsi que l’obésité sévère.
Après un séquençage de l’exome entier c’est-à-dire de tous les gènes (ou un séquençage d’exome entier amélioré de type CoDE-seq permettant de détecter aussi les anomalies de structure des chromosomes appelés CNV [copy number variant]) des patients via notre plateforme EquipEx LIGAN (dédiée au séquençage de nouvelle génération), nous recherchons dans un premier temps des mutations pathogènes (c’est-à-dire susceptibles d’entrainer la maladie) dans les gènes d’ores et déjà connus dans la littérature. A ce propos, nous mettons en place une démarche qualité au sein de la plateforme EquipEx LIGAN afin de pouvoir suivre les recommandations en vigueur dans le diagnostic moléculaire de maladies génétiques rares.
Si le diagnostic primaire est négatif, nous recherchons alors de nouveaux gènes en détectant par exemple des enrichissements de variants rares potentiellement délétères chez les patients (en utilisant les banques de données internationales comme la UK Biobank ou le projet 1000Genomes comme populations contrôles), puis nous effectuons des analyses intégratives fonctionnelles des gènes candidats et des mutations détectées, notamment en collaboration avec les autres équipes de notre LabEx EGID.
Publications majeures associées de l’équipe depuis 2015 :
– Loss-of-function mutations in MRAP2 are pathogenic in hyperphagic obesity with hyperglycemia and hypertension. Baron M, Maillet J, Huyvaert M, Dechaume A, Boutry R, Loiselle H, Durand E, Toussaint B, Vaillant E, Philippe J, Thomas J, Ghulam A, Franc S, Charpentier G, Borys JM, Lévy-Marchal C, Tauber M, Scharfmann R, Weill J, Aubert C, Kerr-Conte J, Pattou F, Roussel R, Balkau B, Marre M, Boissel M, Derhourhi M, Gaget S, Canouil M, Froguel P, Bonnefond A. Nat Med. 2019 Nov;25(11):1733-1738.
– How Recent Advances in Genomics Improve Precision Diagnosis and Personalized Care of Maturity-Onset Diabetes of the Young. Vaxillaire M, Froguel P, Bonnefond A. Curr Diab Rep. 2019 Aug 5;19(9):79.
– CoDE-seq, an augmented whole-exome sequencing, enables the accurate detection of CNVs and mutations in Mendelian obesity and intellectual disability. Montagne L, Derhourhi M, Piton A, Toussaint B, Durand E, Vaillant E, Thuillier D, Gaget S, De Graeve F, Rabearivelo I, Lansiaux A, Lenne B, Sukno S, Desailloud R, Cnop M, Nicolescu R, Cohen L, Zagury JF, Amouyal M, Weill J, Muller J, Sand O, Delobel B, Froguel P, Bonnefond A. Mol Metab. 2018 Jul;13:1-9.
– Generation of an induced pluripotent stem cell (iPSC) line from a patient with maturity-onset diabetes of the young type 3 (MODY3) carrying a hepatocyte nuclear factor 1-alpha (HNF1A) mutation. Griscelli F, Ezanno H, Soubeyrand M, Feraud O, Oudrhiri N, Bonnefond A, Turhan AG, Froguel P, Bennaceur-Griscelli A. Stem Cell Res. 2018 May;29:56-59.
– Loss-of-function mutations in ADCY3 cause monogenic severe obesity. Saeed S, Bonnefond A, Tamanini F, Mirza MU, Manzoor J, Janjua QM, Din SM, Gaitan J, Milochau A, Durand E, Vaillant E, Haseeb A, De Graeve F, Rabearivelo I, Sand O, Queniat G, Boutry R, Schott DA, Ayesha H, Ali M, Khan WI, Butt TA, Rinne T, Stumpel C, Abderrahmani A, Lang J, Arslan M, Froguel P. Nat Genet. 2018 Feb;50(2):175-179.
– High Prevalence of Rare Monogenic Forms of Obesity in Obese Guadeloupean Afro-Caribbean Children. Foucan L, Larifla L, Durand E, Rambhojan C, Armand C, Michel CT, Billy R, Dhennin V, De Graeve F, Rabearivelo I, Sand O, Lacorte JM, Froguel P, Bonnefond A. J Clin Endocrinol Metab. 2018 Feb 1;103(2):539-545.
– A novel NEUROG3 mutation in neonatal diabetes associated with a neuro-intestinal syndrome. Hancili S, Bonnefond A, Philippe J, Vaillant E, De Graeve F, Sand O, Busiah K, Robert JJ, Polak M, Froguel P, Güven A, Vaxillaire M. Pediatr Diabetes. 2018 May;19(3):381-387.
– The unique clinical spectrum of maturity onset diabetes of the young type 3. Lebenthal Y, Fisch Shvalb N, Gozlan Y, Tenenbaum A, Tenenbaum-Rakover Y, Vaillant E, Froguel P, Vaxillaire M, Gat-Yablonski G. Diabetes Res Clin Pract. 2018 Jan;135:18-22.
– Generation of an induced pluripotent stem cell (iPSC) line from a patient with maturity-onset diabetes of the young type 13 (MODY13) with a the potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 11 (KCNJ11) mutation. Griscelli F, Feraud O, Ernault T, Oudrihri N, Turhan AG, Bonnefond A, Froguel P, Bennaceur-Griscelli A. Stem Cell Res. 2017 Aug;23:178-181
– Eating Behavior, Low-Frequency Functional Mutations in the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) Gene, and Outcomes of Bariatric Operations: A 6-Year Prospective Study. Bonnefond A, Keller R, Meyre D, Stutzmann F, Thuillier D, Stefanov DG, Froguel P, Horber FF, Kral JG. Diabetes Care. 2016 Aug;39(8):1384-92.
– Monogenic diabetes: Implementation of translational genomic research towards precision medicine. Vaxillaire M, Froguel P. J Diabetes. 2016 Nov;8(6):782-795.
– What Is the Best NGS Enrichment Method for the Molecular Diagnosis of Monogenic Diabetes and Obesity? Philippe J, Derhourhi M, Durand E, Vaillant E, Dechaume A, Rabearivelo I, Dhennin V, Vaxillaire M, De Graeve F, Sand O, Froguel P, Bonnefond A. PLoS One. 2015 Nov 23;10(11):e0143373.
– Genetic variants in LEP, LEPR, and MC4R explain 30% of severe obesity in children from a consanguineous population. Saeed S, Bonnefond A, Manzoor J, Shabbir F, Ayesha H, Philippe J, Durand E, Crouch H, Sand O, Ali M, Butt T, Rathore AW, Falchi M, Arslan M, Froguel P. Obesity (Silver Spring). 2015 Aug;23(8):1687-95.
– A girl with incomplete Prader-Willi syndrome and negative MS-PCR, found to have mosaic maternal UPD-15 at SNP array. Morandi A, Bonnefond A, Lobbens S, Carotenuto M, Del Giudice EM, Froguel P, Maffeis C. Am J Med Genet A. 2015 Nov;167A(11):2720-6.
